При жизни старца Даниила были опубликованы:
– «Против хилиазма»,
– «Против Макракиса» (1898),
– «Голос со Святой Горы об угрозе Вселенского Собора»,
– «Историческое изучение собеседований в афонском монастыре св. Пантелеимона» (1927),
– «История Свято-Пантелеимонова монастыря, именуемого Руссик» (1927),
– «Против упрощения языка»,
– «Против спиритов» и др.
Обширное литературное наследие старца Даниила свидетельствует о нем как о выдающемся православном богослове и аскете. Большая часть его сочинений, включая письма, посвящена полемике с ересями и различными заблуждениями:
– «О спасении еретиков» (1910),
– «Беседа католического священника с православным» (1920) и мн. др.
Даниилу Катунакскому принадлежат также сочинения на вероучительные и социальные темы:
– «Письмо о пощении и о том, надо ли соблюдать пост перед приобщением Святых Таин»,
– «Против социалистов» (1920) и мн. др.
На русский язык переведены:
– «Устав общежительного пребывания на основании святых определений Церкви Христовой» (1910),
– «Об умной молитве. Письмо старца Даниила Каллистрату» (1916),
– «Послание об уставе монашеского общежития, писанное по настоянию Высокопреосвященнейшего митрополита Пентапольского господина Нектария (Кефала) инокиням его на Эгине»,
а также 3 письма о духовной прелести и борьбе с ней:
– «Об отвержении мечтаний. Ответ монаха Даниила Маркиану-монаху» (1918),
– «Наставление желающему восприять великий и ангельский образ монашества» (1924),
– «Изъяснение великого ангельского образа» (1924).
Из множества неопубликованных работ Старца (большей частью написаны они в форме писем) выделяем следующие:
– «Об умной молитве»,
– «О несвоевременной скорби»,
– «О подозрительности»,
– «О связях, которые не слабеют с телесной смертью»,
– «О том, каким должно быть отцу духовному»,
– «О пощении перед святым причащением»,
– «Защита монашества»,
– «Объяснение великой ангельской схимы»,
– «Записная книжка монаха»,
– «О спасении еретиков и неправославных»,
– «Против евангелистов»,
– «Против армян (эта работа показывает, что автор ее был выдающимся историком экклесиологии и догматики)»,
– «Против Калапофакиститов».
Из-за настойчивых просьб одного из своих духовных чад, который учился в Халкисе, а впоследствии стал митрополитом Георгием в Неврокопиосе, старец Даниил занялся темой "О том, обитаемы ли звезды". Его подход к этой теме поразителен. Он изумил даже ректора Иренайуса, ставшего позднее митрополитом Кассандры, заметившего: "У нас есть ларец, но мы не знаем, как открыть его. Этот монах нашел ключ, открыл и рассмотрел содержание".