Именно там, в застенках, возникла удивительная в литургическом смысле служба Всем русским святым. Она получила свою законченность после обсуждения с иерархами, которые были заключены вместе с владыкой Афанасием.
Одним из иерархов был и архиепископ Тверской Фаддей, прославленный Церковью как священномученик. И вот 10 ноября 1922 года в 172-й камере Владимирской тюрьмы впервые было совершено празднование Всем русским святым по исправленной службе.
Смерть матери побудила Владыку не только к горячим сыновним молитвам о ней, но и к написанию фундаментального труда "О поминовении усопших по Уставу Православной Церкви", который был высоко оценен митрополитом Кириллом (Смирновым).
В августе 1941 года преосвященный Афанасий составил "Молебное пение об Отечестве", исполненное глубокого покаяния и необычайной молитвенной силы, обнимающее все стороны жизни нашего Отечества. В периоды заключений Владыкой были составлены молебные пения "О сущих в скорбях и различных обстояниях", "О врагах, ненавидящих и обидящих нас", "О сущих в темницах и заточении", "Благодарение о получении милостыни", "О прекращении войн и о мире всего мира"...
Святитель Афанасий поистине пел Богу "дондеже есмь" (Пс. 45, 1), пел даже во вратах смерти, и Господь сохранил Своего служителя для любимых им Церкви и Отечества. Владыка, сознавая, что по состоянию здоровья даже и после освобождения не сможет вернуться к епархиальному служению, весь смысл дальнейшей жизни видел именно в литургических трудах. В Дубровлаге он составил молитву "О мире всего мира", полагая, что молитва православных действеннее и успешнее других начинаний в этом направлении. Он читал ее ежедневно сам и призывал к этому других.
В 1955 году владыка Афанасий получил от Святейшего Патриарха Алексия предложение принять участие в подготовке Церковного календаря и сборника Богослужебных указаний на 1957 год. Но вскоре выяснилось, что некоторые уставные суждения Владыки оказываются неприемлемыми для этого неустоявшегося времени, и он отклонил эту работу. Вскоре епископа Афанасия назначили председателем Календарно-Богослужебной комиссии при Священном Синоде. Святитель ревностно приступил к знакомому и любимому делу, но в апреле 1958 года комиссия была упразднена. Владыка глубоко скорбел об этом и даже как бы укорял себя за некоторую прямолинейность во взглядах, не нашедшую поддержки у остальных членов комиссии.
Перечень главных литургических трудов
святителя Афанасия:
— "О поминовении усопших по Уставу Православной Церкви", где тонко и глубоко объяснены положения Церковного Устава по многим вопросам;
— "Величания и псалмы избранный на праздники Господския, Богородичныя и святых, поемые идеже их храм, или ид еже будет празднование им с полиелеем", — свидетельство прекрасного знания Псалтири и умения кратко и емко выразить суть подвига каждого святого;
— "Доследования молебных пений на праздники и на различные потребы" — полный свод молебных пений, отредактированный и существенно дополненный;
— "Служба Собору Всех Святых, в земле Российской просиявших";
— "Синодик храма Всех Святых, в земле Российской просиявших. О упокоении", содержащий около трех тысяч имен подвижников благочестия, церковных и государственных деятелей России с XI по XX век, расписанных по дням памяти, особым поминальным дням и по хронологии.
Перу владыки Афанасия принадлежат также служба "Празднование Пресвятой Богородицы святыя ради иконы Ея, именуемыя Максимовская", и "Молитвословия за трапезой", содержащие молитвы за уставными и неуставными трапезами, поминальной трапезой, молитвы на благословение скоромных снедей после многодневных постов.
Святитель Афанасий не только собирал и редактировал тексты служб русским святым, что послужило основой для издания Московской Патриархией Богослужебных Миней в 1970-1980 годах, но работал над созданием Русского Типикона, над порядком соединения служб русским святым, совершаемым в один день, над новым переводом церковно-славянского текста Богослужебных книг. По благословению Патриарха Алексия владыка Афанасий писал и отзывы на новые Богослужебные последования, например, на "Чин архиерейского отпевания", составленный митрополитом Мануилом (Лемешевским), на многочисленные акафисты, тропари, кондаки. Впрочем, как правило, Владыка был против введения новых акафистов в состав уставного Богослужения, так как ни по глубине богословского содержания, ни по силе и красоте выражения они не идут в сравнение с прежними литургическими гимнами.